Музей истории железнодорожного транспорта Калининградской железной дороги открыт с 2000 года и расположен на втором этаже служебно-технического здания. В музее представлена информация об истории дороги, фотографии железнодорожных объектов Кенигсбергской железной дороги довоенного периода, этапы восстановления и развития Калининградской железной дороги.
Коллекция железнодорожной техники, расположенной на открытой площадке рядом с Южным вокзалом, насчитывает 37 экспонатов, в том числе два паровоза. Также имеются образцы вагонов, мотовагонного подвижного состава и спецтехники. В частности:
- Паровоз Л-0282 (1948 год постройки). Был построен на Коломенском заводе, до 1984 года работал на Калининградской железной дороге, в 1985 году был установлен как памятник на улице Суворова, с 2000 года размещен в музее
- Паровоз ТЭ-4564 (трофейный немецкий паровоз типа BR52, 1943 год постройки)
- Маневровый тепловоз ТГК2-5998 (1981 год постройки, Калужский машиностроительный завод)
- Головной и промежуточный вагон электропоезда ЭР1-228
- Головной вагон дизель-поезда Д1-590-1
- Различные вагоны
- Различные образцы прочего железнодорожного оборудования и техники: семафор, гидроколонка, образцы рельсошпальных решеток разных типов, образцы вагонных тележек.
